Kostel svatého Bartoloměje se nachází ve stejnojmenné ulici na starém městě. Jde o vrcholně barokní stavbu, která je velmi hezká a zajímavá, ačkoliv rozhodně nepatří k nejznámějším pražským církevním stavbám.
Zástavba mezi ulicí Bartolomějskou a Konviktskou byla ve čtrnáctém století plná malých domků, kde ženy vykonávaly ono údajně nejstarší řemeslo světa. Samozřejmě to bylo mnohým lidem trnem v oku, zvláště pokud byli náboženštěji založeni. Nejdříve zde byla v roce 1366 postavena útulna pro kající ženy a nakonec se Janu Milíčovi z Kroměříže podařilo vymoci na panovníku zrušení Benátek, tak se této čtvrti červených lucerniček říkalo. Vznikla zde i kaple svaté Maří Magdaleny a také dům pro bývalé nevěstky. Benátky byly přejmenovány a začalo se jim říkat Jeruzalém. Václav IV. určil, že zde budou studovat cisterciánští mniši. Ze staveb, které využívali do dnešních dnů zbyla část obvodového zdiva, které je možno jasně rozeznat ve sklepích. Během husitských válek katolické iniciativy v srdci rebelie nemohly přežít, budovy byly rozprodány světským majitelům a až do sedmnáctého století o nich mnoho nevíme. Byla zde sladovna a ví se také, že v roce 1659 tzv. Vyšínovský dům získal mocný jezuitský řád, který zde pravděpodobně rovnou začal stavět kostel či upravoval dům pro náboženské potřeby. Moc o stavbě této pravděpodobné kaple nevíme, protože byla téměř úplně zničena při požáru v roce 1678.
Ruiny této stavby samozřejmě bylo nutno nějak využít. Když jezuitský řád získal dostatek financí, požádal Kiliána Ignáce Dientzenhofera o vypracování plánů na nový kostel, který by byl postaven v stylu tzv. pražského baroka. Nová stavba vznikla na původních klenutých sklepech a obvodových stěnách. Nedošlo k jejich vyboření, ale propojení starého a nového, které i z dnešního hlediska bylo architektonickým „majstrštykem.“ Za osvícené vlády Josefa II. byl jezuitský řád zrušen a kostel začal spravovat stát, který ho později přenechal Studijnímu fondu. V polovině devatenáctého století byla budova zakoupena pro Šedé sestry III. řádu sv. Františka, které ho spravovaly až do nástupu tzv. komunistické moci, která církevní stavbu zaměnila na skladiště ministerstva vnitra a nechala ji postupně chátrat. K návratu dosti poničeného kláštera do řádových rukou došlo v roce 1991.