Barokní kostel sv. Klimenta je součástí areálu bývalého jezuitského centra vzdělanosti, jakým bylo Klementinum. Jedná se o exteriérově opravdu velmi prostou barokní stavbu z osmnáctého století a částečně ji můžeme obdivovat v pražské Karlově ulici (částečně proto, že ulice je úzká, hlavu je nutno upřít vysoko a hned vás postrčí někdo z davu turistů, valících se Královskou cestou).
Na místech Klementina a tím pádem samozřejmě i kostela svatého Klimenta se dříve nacházela celá čtvrť a také samozřejmě původní, stejnojmenný, románský kostel (blízko byl také kostel svatého Bartoloměje). Původní „Kliment“ byl původně spojen i s dominikánským klášterem, ale ten byl velmi silně poničen během husitských zmatků. Stavba dále chátrala a okolí oživil až příchod jezuitského řádu do českých zemí na začátku druhé poloviny šestnáctého století. To ale ještě nebyl počátek svatého Klimenta (starý kostelík stále přežíval, dokonce byl občas i opraven). Prvním jezuitským svatostánkem byl kostel Nejsvětějšího Salvátora a o sto let později začal vznikat i celý impozantní komplex, který známe pod názvem Klementinum.
Stavba dalšího kostela v areálu byla naplánována již na konci sedmnáctého století, ale neměli pro ni vhodné místo. To se objevilo až v roce 1710, kdy zde vznikla tiskárna navržená P. I Bayerem. Stavba byla zahájena o rok později, byl zbořen původní kostel Klimenta i zbylé okolní stavby a nový kostelík postupně rostl a a v roce 1713 byl již pod střechou. Následovaly práce na hlavní výzdobě svatostánku, na které se podílel například J. Hiebl, který vymaloval strop náměty z života svatého Klimenta. V roce 1715 byl zde postaven oltář a 15. září téhož roku došlo k vysvěcení kostela. Další dokončovací práce probíhaly ještě v následujících pěti letech a podílel se na nich mimo jiné i jeden z nejvýznamnějších barokních sochařů u nás M. B. Braun. Kostel byl od té doby již jen renovován, ale k významným stavebním úpravám nedošlo. Jistou zajímavůstkou je fakt, že sice náleží katolické církvi, ale spravuje ji řeckokatolický exarchát (zjednodušeně řečeno, pravoslavní uznávající papežskou autoritu), kterému byl přidělen v roce 1931 a pro něj plní od devadesátých let dokonce funkci katedrály.