Velkopřevorský mlýn, jehož sílu kdysi pohánělo dnes stále fungující mohutné dřevěné kolo, se nachází při Čertovce, umělém kanálu, který podobně jako mlýn vznikl ve dvanáctém století díky snaze řádu maltézských rytířů, tehdy známějších jako johanité.
Řád Johanitů, který do Čech přišel přibližně někdy kolem poloviny dvanáctého století. Tento mocný řád, který odehrával velmi významnou roli při křesťanském pokusu o znovu ovládnutí tzv. Svaté země a později zůstal jediný, který dlouhou dobu bojoval přímo s muslimy, měl kromě vojenských schopností, také velmi dobrý cit pro hospodaření. Proto kromě kostela a kláštera provozovali také různé ekonomické aktivity, a mlýn spolu s výše zmíněným náhonem, který ho poháněl, nemohl mezi nimi chybět. Ale řády patřily vždy k oporám katolické církve. Tudíž není divu, že ve století patnáctém, během husitských bouří, došlo ke zničení jejich majetku, a to jak povahy duchovní, tak i světské. Další zprávy o mlýnu se objevují až u konce století patnáctého, kdy ho za sto kop míšeňských grošů zakoupil mlynář Blažek. Na konci století šestnáctého na nějaký čas mlýn získala i malostranská obec. Koupě ale vůbec nebyla jednoduchá. A tím se vlastně dostaneme i k důvodu, proč se stavba nazývá Velkopřevorský mlýn. Stavba totiž stále patřila pod postranní právo právo maltézského kostela Panny Marie pod Řetězem a tehdejší velkopřevor se obával, že by majetek mohl postupně ztratit. Nákup na konec potvrdil sám císař Rudolf II., ale Malá Strana se musela zavázat, že práva řádu udrží. Na konci šestnáctého století také došlo k velké přestavbě mlýna do dnes známé renesanční podoby. K úplnému odstranění postranních práv a také vlivu řádu na Velkopřevorský mlýn došlo až v roce 1850 i když omezování začalo již za známého racionálního panovníka, jakým byl císař Josef II. Velkým úderem pro stavbu byl požár v květnu roku 1938, ale díky obětavosti tehdejších požárníků se velká část stavby podařila zachránit. Později na nějaký čas zde byla čistírna peří, tu následovalo skladiště a také zde sídlili vodáci z Tesly Žižkov. Mlýnské kolo, které dnes můžeme obdivovat není původní, jednak by nevydrželo čas a hlavně starší předchůdce z velké části shořel při výše zmíněném požáru. Velkopřevorský mlýn své kolo získal v devadesátých letech, kdy ho vyrobil pan František Mikyska. Asi nikoho, kdo si pamatuje z dětství různé pohádky, nepřekvapí, že i tento mlýn měl svého čerta, či přesněji několikero čertů. Ale hrdinný český chasník je fortelem přemohl a vyhnal je z mlýna na vždy pryč.